Πραγματοποιώντας μια από τις εντυπωσιακότερες εμφανίσεις της μέχρι τότε καριέρας του, ο Roger Federer επιβλήθηκε του Andre Agassi με 6-3, 6-0, 6-4 στον τελικό του ATP Masters Cup, στις 16 Νοεμβρίου, 2003, που έλαβε χώρα στο West Side Tennis Club του Χιούστον.

Στην αρχή εκείνης της εβδομάδας, o Federer είχε χρειαστεί να σβήσει 2 match point, για να κερδίσει τον Agassi με 6-7 (3), 6-3, 7-6 (7) και να διατηρήσει ζωντανές τις ελπίδες του για να τερματίσει τη χρονιά στο Νο. 1 της παγκόσμιας κατάταξης. Στους άλλους δυο αγώνες του στο round robin δεν δυσκολεύτηκε, κερδίζοντας τον Juan Carlos Ferrero με 6-3, 6-1 και τον David Nalbandian με 6-3, 6-0.

Το όνειρο του Year-end No. 1 χάθηκε, καθώς ο Andy Roddick προκρίθηκε επίσης στα ημιτελικά και αυτό ήταν αρκετό για να εξασφαλίσει την παραμονή του στο Νο. 1. Ο Federer ωστόσο τον αμφισβήτησε στο γήπεδο και τον κέρδισε με 7-6 (2), 6-2 στα ημιτελικά.

Στον τελικό έδωσε έναν επαναληπτικό με τον Agassi, από τον οποίο αυτή τη φορά έχασε μόλις 7 game σε 3 σετ! Ο Ελβετός είχε 12 άσους και 39 winners, τους τριπλάσιους από τον Αμερικανό (13)! 

"Ήταν ένας από τους καλύτερους αγώνες μου στη χρονιά. Είμαι πολύ χαρούμενος για όλη τη σεζόν που έκανα, ειδικά γι' αυτό το τουρνουά. Δούλεψα σκληρά φέτος. Πάντα έχεις τις καλές και τις άσχημες στιγμές σου, αλλά αυτή τη σεζόν αισθάνθηκα ολοκληρωμένος", δήλωσε ο Federer, ο οποίος είχε 78 νίκες και 17 ήττες το 2003, κατακτώντας 7 τίτλους. Ανάμεσα σ' αυτούς ήταν το πρώτο Grand Slam της καριέρας του στο Wimbledon, αλλά και ο πρώτος από τους 9 τίτλους που έχει στο Halle. Ήταν πρωταθλητής ακόμα στη Μασσαλία, στο Ντουμπάι, στο Μόναχο και στη Βιέννη.